مكافحة الحشائش:
نظرا لأنه لا يتم استخدام مبيدات الحشائش الكيميائية لمحصول الثوم تحت ظروف الزراعة العضوية، لذلك يتم اتباع كل الوسائل الممكنة لتقليل تواجد الحشائش فى المحصول مثل اتباع دورة زراعية، والزراعة فى الميعاد المناسب، وسرعة خدمة المحصول حتى يتغلب على الحشائش الموجودة، وعدم استخدام الكمبوست الغير ناضج والمحتوى على بذور بعض الحشائش، وايضا ضرورة عمل رية كدابة قبل زراعة المحصول مع ضرورة عمل حرث سطحى بعد جفاف الارض وخروج الحشائش، حتى لا نجلب حشائش اخرى من اعماق بعيدة من التربة.
وفى الغالب فانه يتم عمل نقاوة يدوية للحشائش او العزيق فى اعمار 30 يوم و60 يوم من الزراعة، مع مراعاة الرش بمبيد فطرى حيوى عقب نقاوة الحشائش أو العزيق مباشرة، حتى نتجنب حدوث امراض فطرية بعد نقاوة الحشائش أو العزيق وتهدل النباتات. ويؤدى التأخير فى نقاوة الحشائش الى نهاية الموسم الى ضعف شديد فى نمو نباتات الثوم، حيث يؤدى الى سرولتها واصفرارها وصغر حجم الابصال المتكونة، كما يمكن ان تتعرض النباتات الى لسعة شمس نتيجة لتعرض نباتات الثوم الفجائى لأشعة الشمس، وبخاصة اذا كانت درجة الحرارة عالية، مما يؤدى الى احتراق وموت الاوراق.